El término células troncales viene de la palabra en inglés stem cells. La palabra Stem cells se traduce normalmente como células madre, sin embargo, stem significa tronco, traduciéndose a menudo como «células troncales».

Es importante resaltar que estas células tienen la capacidad de dividirse asimétricamente dando lugar a dos células hijas, una de las cuales tiene las mismas propiedades que la célula madre original y la otra adquiere la capacidad de poder diferenciarse si las condiciones ambientales son adecuadas. Este proceso se denomina autorrenovación.

La mayoría de los tejidos de un organismo adulto, poseen una población residente de células madre adultas que permiten su renovación periódica o su regeneración cuando se produce algún daño tisular.

Algunas células madre adultas son capaces de diferenciarse en más de un tipo celular como las células madre mesenquimales y las células madre hematopoyéticas.

Otras son precursoras directas de las células del tejido en el que se encuentran, como por ejemplo las células madre de la piel, músculo intestino o las células madre gonadales.​

Las células madre embrionarias son aquellas que forman parte de la masa celular interna de un embrión de 4-5 días de edad. Estas son pluripotentes lo cual significa que pueden dar origen a las tres capas germinales: ectodermo, mesodermo y endodermo.

Primera Capa:

En primer lugar tenemos el ectodermo es la capa más externa del embrión. Las otras dos son el mesodermo (capa intermedia) y endodermo (capa proximal).

Es la primera en formarse, durante la fase de blástula del desarrollo embrionario y más adelante da lugar a las otras dos durante la gastrulación.

Segunda Capa:

En segundo lugar tenemos el mesodermo o capa intermedia, es una membrana que se crea durante la gestación para dar vida a distintas partes del cuerpo humano.

Entre las que destacan las estructuras del sistema musculoesquelético y otras más necesarias para la vida de la persona.

Tercera Capa:

En primer lugar tenemos el endodermo es la capa de tejido más interno de las tres capas germinales.

Se encarga de la creación de células y tejidos que forman parte de la histología del sistema digestivo y respiratorio, además gracias a su diferenciación permite la formación de las glándulas tiroides, el timo, páncreas, órganos como el hígado y de las estructuras que se encargan de la micción.

Una característica fundamental de las células madre embrionarias es que pueden mantenerse en el embrión o en determinadas condiciones de cultivo de forma indefinida, formando al dividirse una célula idéntica a ellas mismas, y manteniendo una población estable de células madre.

Existen técnicas experimentales donde se pueden obtener células madre embrionarias sin que esto implique la destrucción del embrión.